枸杞、山茱萸、吴茱萸、乌梅、银杏、酸枣、酸橙、无花果等果实类多年生药用植物，以果实为收获对象，其生命周期很长，结果经济年限为20～50年，1年之中的生长、开花、结实期达6～8个月之久。因此，为在生产中获得稳产高产，就必须经常、及时地施用一定数量和质量的肥料，以补充土壤养分的不足，满足植株生长发育的需要。药用果树施肥有土壤施肥和根外施肥两种，给果树施肥应注意以下几点：
营养元素的搭配
药用果树生长所需的营养元素有十多种，施肥时可以参照当地果园的施肥方法或经过田间试验后采用适当的肥料配方进行施肥。基肥以农家肥为主，辅以少许复合肥或果树专用肥，追肥以速效氮肥为主，适当补充硼、锌、锰、铁等微量元素，以满足树体生长对各种营养元素的需求。混合施肥所获得药材的产量比单一施肥者要高。
施肥量
药用果树的施肥量与树种、品种和土壤条件等有关，枸杞、山茱萸、银杏等果树需肥量比较大，山地和沙地等土层瘠薄或盛果期的果树可适当多施。一般来说，以农家肥为主的基肥每株每次应不少于50kg，追施尿素时，小树少施、大树多施，幼树每株每次0.2kg，成年结果树可追施0.5kg左右。
施肥时期
基肥可在冬季结合深耕改土进行，此时施基肥，一方面可在寒冬对植株起一定的保温作用，另一方面又可使基肥在春季植株开始吸收之前充分腐熟，并且秋末冬初植株进入休眠期，树液停止流动，对植株根系的伤害较小。追肥以少量多次为原则，成年结果树每年需追肥2～4次：
花前追肥 药用果树花期正值营养分配期（以生殖器官为中心），对氮肥比较敏感，追施氮肥可以减少落花落果，提高座果率。
花后追肥 幼果在迅速生长期需要氮肥，如果花前肥追施过多则可以少施或不施。
果实膨大和花芽分化期追肥 花芽在果实膨大期开始分化，此次追肥既可保证当年产量，又可克服大小年结果的作用，为来年生产打好基础。此次追施氮磷钾肥比例以1：0.5：0.5为宜。
果实生长后期追肥 药用果树经过结果后，消耗了大量营养，这次追肥尤为重要，可使树体营养水平得到恢复，增强抗生，安全越冬。
施肥方法
在施肥过程中，各种方法更换进行，使肥效得到充分发挥，还可使各个方向的根系都获得养分，从而促进树势生长和树冠结实均匀：
全园施肥 矮化密植的药用果树可将肥料直接撒布在全园范围内，然后再翻入土壤中。这样可以引根深入土层，促进幼树形成强大的根系和多量的须根，加强吸肥水能力。
灌溉式施肥 利用渠道或管道将肥料输送到药园进行灌溉施肥。
条沟施肥 在果树行间开挖一条深和宽各20～40cm的环形沟，施入基肥后覆土盖肥防止水土流失，此法多用于幼树冬季扩塘施肥。
穴施 在树冠外沿滴水线下挖4～8个深40cm左右的穴，施入追肥后填平。
根外追肥 果树地上部器官也能吸收养分，其中嫩梢嫩叶吸收能力最强，其次为幼果、成熟叶和老枝干等，鉴于这个原理，果树栽植常用根外追肥的办法来弥补根际施肥的不足。作为土壤施肥的补充，利用喷雾的方法将肥料的溶液喷洒在果树叶面上。根外追肥肥效快，用量省，主要用于“小老树”或“老衰树”，以抢救树势，恢复活力；或者由于结果过多，暂时脱肥，以加速补给养分；或者由于出现微量元素缺乏症；或者出于保果壮果等目的。该法多用于氮肥和硼、锌、锰、铁等微肥的追施，其浓度为：尿素0.5%、磷酸二氢钾0.3%～1%、过磷酸钙浸出液1%～3%、硼砂0.05%～0.1%、硫酸锌0.1%～0.6%、硫酸镁2%～3%、50ppm赤霉素等。